海神的女儿波妞从深海出逃玩耍，却被困在玻璃瓶里冲到岸上，碰巧被住在岸边悬崖的宗介救出，两人因此相识。但是波妞的父亲——魔法师藤本，认为人类世界肮脏丑陋，强行把波妞带回海里。面对父亲的阻挠、席卷小镇的海啸，以及永远失去魔法的威胁，波妞仍然大胆而坚决地决定——要变成人类跟宗介在一起。而承诺要永远保护波妞的宗介，也即将面临新的挑战...

风景如画、宁静祥和的海滨小镇，5岁男孩宗介（土井洋辉配音）和妈妈理莎（山口智子配音）相守度日。偶然的一天，宗介在海边见到了一个玻璃瓶，瓶中居然还有一条美丽可爱的小金鱼。金鱼名叫波妞（奈良柚莉爱配音），而她的真实身份居然是人鱼女王的女儿。她偷偷离家玩耍，却不小心被困在玻璃瓶中。宗介将波妞带回自己家，两个小家伙两小无猜，天真无邪，共同渡过了一段短暂而快乐的时光。谁知好景不长，波妞最终被带回海底。这个小女孩无比思念好朋友宗介，于是做出了要变成人的大胆决定。可是，这个决定却给海滨小镇带来前所未有的巨大灾难。